Kök hücre nakli hastanın kendi kök hücreleri kullanılarak (Otolog) veya kardeşinin kök hücreleri kullanılarak (Allojenik) yapılabilir. Bu iki yöntemden hangisinin gerekli olduğu bu konuda uzman doktorlardan oluşan “Transplant Konseyi” kararı ile verilir. Konsey karar vermeden önce hastaya gerekli tarama testleri yapılarak organlarının bu tedavi yöntemini kaldıracak kadar sağlıklı olup olmadığı belirlenir, kardeşlerden doku uygunluk testleri (HLA testi) yapılır.
Kemik iliği nakli bir ameliyat değildir. Günümüzde kan kök hücre nakli olarak da adlandırılmaktadır.
Kan kök hücre nakli, kan sistemini yeniden oluşturacak kan kök hücrelerini vermektir. Bu süreç uzun süren bir tedaviyi kapsar. Kısaca kan kök hücreleri ya kemik iliği olarak kalça kemiğine bir iğne ile girilerek elde edilir veya kemik iliğinden kana kan yapacak kök hücreler dökülür, aferez cihazına bağlanan kişide yine kanla karışık olarak bir torbada toplanır. Çok daha seyrek olarak da yeni doğan bebeğin kordon kanından enjektörle toplanır.
Kan hücrelerini oluşturacak kan kök hücrelerini toplamak kan kök hücre naklinin en kolay bölümüdür. Toplanan ürün damar yoluyla hastalara verilir. Hücreler üzerlerindeki işaretlerle kemik iliğini bulur, yerleşir ve kan sistemi hücreleri üretmeye başlarlar.
Kemik iliği nakli tedavisi ciddi problemleri çözme becerisi ve isteği olan çok okuyan, bedenen çok dinç, ruhen çok dayanıklı, uyanık hekim grubunun yapabileceği bir tedavidir. Böyle bir tedavide hekimler ne kadar üstün özelliklere sahip olsa da teknik destek, hasta bakımının da o kadar üstün olması gereklidir. Kemik iliği nakli yapılan bina, içinde çalışanlar ile bir bütün olarak ekip halinde başarıya ulaşmak mümkündür. Bu ekibin içinde en başta nakil ile bizzat ilgilenen hemşire grubu, kök hücre ve aferez laboratuarı elemanları, verilerin düzenli tutulmasını sağlayan veri toplayıcı elemanlar, çalışanları da motive eden psikologlar, sosyal hizmet uzmanları, fizyoterapistler, infeksiyon hastalıkları ve nöroloji uzmanları, böbrek, kalp hastalıkları, cilt hastalıkları ve göz hastalıkları uzmanları sindirim kanalı uzmanları ve yoğun bakım uzmanları yer alır.